結構、掲示板やらメールで質問を貰うのでユーザー車検の手順を紹介しましょう。

準備。
1ヶ月前から継続検査を受けることが出来ます。 よって車検が切れる前に予約を入れましょう。
まず、104に電話して「陸運局」の番号を聞きましょう。 継続検査は何処でもうけられますから
家から近い「陸運局」で、問題ありません。 

インターネットでも予約できるようになりました。
http://www.kensayoyaku.mlit.go.jp
これで日本全国の陸運局の車検予約が出来ます。

予約。
最近はプッシュホンで予約となります。 説明を聞けば問題ないですが、不安な人は
104に電話した時点で人間の対応してくれる番号も聞いておきましょう。
受験日を指定すれば受験番号が流れますので、ちゃんとメモを取りましょう。
午前と午後の分が有ります。(陸運局によって異なりますが)

受験日の前に。
陸運局によっては必須のようですが、一度陸運局に行って実際の流れを見てください。
大阪なんかはビデオで説明してくれます。 午後に予約入れておいて午前の部を見学しておくのも良いでしょう。

納税証明書を用意しましょう。 マジメに税金を払ってたら税金の用紙の半券が納税証明書ですが
私のように車検前に払う人は市役所で納税証明書貰ってください。

整備。
基本的に自分で有る程度の整備が出来ない人はユーザー車検なんてやってはいけません
危ないからね。 
カタナの場合は弄られてる方が多いので対応は様々です。
マフラー付けるためにタンデムステップ切ってる人は構造変更して一人乗りにするか、
適当なステップをシートレールに取り付けるかしてください。 
あまりに爆音なマフラーはダメでしょう。 光軸は適当に。落ちたらテスター屋さんに持っていくことになるかと。
テスター屋は車検場の近くにあるそうですが私は落ちたことがないので知らない。
陸運局によっては光軸の検査が無いところもあります。
ホイル変更によりチェーンケースを外してる場合は対応様々です。 聞けば必須でしょうが私は落ちてません。
メーター検査がない場合もあります。 
ホーン、ウィンカー、ロックは必須。 ロックはハンドルでなくてもU字ロックぶら下げてたらok。
ウィンカーは前方から見て500円玉程度の有効面積が要ります。 小径の埋め込み式はやばいです。
タンデムベルトは要るんじゃないかなあ... 付いてるなら外さないように。 
アクスルシャフトの割ピンも入れておこうね。 
全体的に増し締め&清掃もしておきましょう。

当日。
受験の1時間前には到着しましょう。 書類とか忙しいからね。
準備は良いですか?
車検証、納税証明書、自賠責保険証、印鑑、車両(当たり前)を用意して陸運局へ。
書類が大量に出るからファイルを用意すると便利です。

まず最初に受付に行ってユーザー車検で2輪車の継続検査といいましょう。
窓口を教えてくれるはずです。 窓口で必要書類を教えて貰いましょう。
で、書類の購入となります。 継続検査申請書(OCRシート 5号様式)、整備点検記録簿、重量税納付証明書、検査表(1400円)が必要です。
一部、鉛筆で記入するモノもあります。 基本的にはボールペンね。
重量税の支払い(5000円 2002年現在)と自賠責(19000円程度 2002年現在)に加入しておいてください。
自賠責は新+旧とも必要です
重量税、自賠責と合わせて3万円程度用意すればいいでしょう。
書類が揃ったらもう一度窓口へ。 書類に不備がなければラインへ回ることになります。
整備点検記録簿はよく見て書いてください。 
ディスクブレーキなのにブレーキシューにチェック入れたりしないように。

ライン。
まず、機械にフロントタイヤを乗せてフロントブレーキのチェック。 メーターの検査。(結構怖い)
ついでリアを機械に乗せてリアブレーキの検査。 ついで光軸の検査となります。
さらに、ウィンカー、ホーン、ロック、ときて各部のチェック。
ラインじたいは落ちなければ10分もかかりません。 
落ちたら再車検ですね。 当日に改修できるなら再挑戦しましょう。
合格したら書類に判子を貰えますから指定された窓口へ。
シールと新しい車検証を貰ってめでたく終了です。

一度やれば解りますが基本的な整備さえ出来ていればそう難しい物じゃないですよ。